При проведении дифференциальной диагностики нужно учитывать возраст пациента. Дифференциальный диагноз БЭ у новорожденных и детей первого года жизни необходимо проводить с другими наследственными и врожденными заболеваниями, а у детей старшего возраста еще и с приобретенными заболеваниями.
Дифференциальная диагностика БЭ наиболее трудна в младенческом возрасте и проводится с другими пузырными заболеваниями новорожденных – пузырчаткой новорожденных, эксфолиативным дерматитом Риттера, герпесом новорожденных, недержанием пигмента (синдром Блоха- Сульцбергера), буллезной врожденной ихтиозиформной эритродермией.
Начавшиеся поздно подтипы ВБЭ дифференцируют с пузырными заболеваниями – герпетиформным дерматитом Дюринга, буллезным пемфигоидом Левера, многоформной экссудативной эритемой, токсическим эпидермальным некролизом, синдромом Стивенса-Джонсона, IgA-линейным дерматозом, приобретенным буллезным эпидермолизом. Простой герпетиформный БЭ напоминает герпетиформный дерматит Дюринга, простой локализованный – дисгидротическую экзему. Синдром Киндлер имеет выраженное сходство с наследственной пойкилодермией Ротмунда-Томсона (Rothmund-Thomson), наследственной акрокератотической пойкилодермией Вери (Weary).