Нефробластома считается одним из наиболее хорошо излечивающихся злокачественных новообразований детского возраста. До 90% заболевших могут быть излечены с помощью современного комплексного лечения. Как и при других опухолях, прогноз зависит от стадии процесса. Эффективность лечения рецидивов заметно ниже, однако в 25-45% случаев удается достичь успеха.
Поскольку обычно результатом лечения является удаление почки, необходим тщательный контроль за состоянием оставшейся почки и мочевыводящих путей. Кроме того, в некоторых случаях возможны отдаленные побочные эффекты химиотерапии и лучевой терапии, включая нарушения репродуктивной функции (особенно у девочек, получивших лучевую терапию), кардиотоксичность (побочный эффект лечения доксорубицином) и развитие вторичных опухолей. Однако большинство выздоровевших может вести нормальную полноценную жизнь.