Заболевание передается потомству по аутосомно-рецессивный типу, кроме множественного дефицита ацил-СоА-дегидрогеназ, который может передаваться еще и по рецессивному, сцепленному с Х-хромосомой типу, обычно такое становится возможным при близкородственных браках.
Известно, в каких генах локализуются дефектные хромосомы, при данном виде врожденной патологии. Для недостатка ацил-СоА-дегидрогеназы жирных кислот со средней, короткой и длинной углеродными цепями это, соответственно: 1р22.1, 12, 2q34-q35; для множественного дефицита ацил-СоА-дегидрогеназ – 15q23-25.