Ахондроплазия вызвана мутацией в гене, который контролирует производство (коды) рецептора фактора роста фибробласта 3 типа. Этот ген, FGFR3, расположен на коротком плече хромосомы 4 (4p16.3).
Эта мутация вызывает изменение в рецепторе фактора роста, обуславливая сигнал замедления роста кости. Считается, что рецептор найден во всех зонах роста скелета. Причина, почему это затрагивает в особой степени зоны рук и ног, неизвестна.
Ахондроплазия характеризуется аутосомно-доминантным типом наследования. Это означает, что если хотя бы у одного из родителей есть генетически обусловленная болезнь, то с вероятностью 50% это заболевание передастся ребенку. Мальчики и девочки болеют с одинаковой частотой. У детей, которым не передался мутировавший ген, этого заболевания нет, и они не передают его дальше.
В подавляющем большинстве наследственное нарушение вызвано новой мутацией. Это означает, что генетическая мутация происходит у человека впервые, а не передается от одного из родителей. Следовательно, для родителей, у которых есть ребенок с новой мутацией, как правило, нет повышенного риска того, что у другого ребенка будет это заболевание. Однако новые генетические мутации будут наследуемыми, и взрослая женщина или взрослый мужчина с этой мутацией рискует передать мутировавший ген своим детям. Тип наследования в этом случае уже является аутосомно-доминантным.
Если у двух людей с ахондроплазией есть ребенок, то риск, что этот ребенок получит две копии мутировавших генов (гомозигота в отношении этого особого гена), составляет 25 процентов, что приведет к значительным нарушениям скелета. Поскольку при этих нарушения размеры грудной клетки крайне маленькие, ребенок не выживет в неонатальный период. Существует 50-процентый риск того, что ребенку передастся одна копия мутации и таким образом он унаследует данное заболевание, в то время как 25 процентов детей наследуют два нормальных гена и не будут иметь ахондроплазию.