АФ следует дифференцировать с другими наследственными нейромышечными заболеваниями, сочетающимися с сахарным диабетом, а также – от клинически весьма сходной формы наследственной атаксии, вызываемой дефицитом витамина Е, и близкого к ней синдрома Бассена-Корнцвейга.
Для дифференциальной диагностики необходимо определять содержание в крови витамина Е, исследовать липидный профиль крови, мазок крови на наличие акантоцитоза. Следует также исключать обменные заболевания, наследуемые по аутосомно-рецессивному типу и характеризующиеся нередко развитием спиноцеребеллярной атаксии – Gm1 и Gm2 – ганглиозидоз и галактосиалидоз (исследование активности β-галактозидазы и гексозаминидазы А), болезнь Краббе (исследование фермента галактозилцерамидазы), поздний вариант болезни Ниманна-Пика (определение содержания сфингомиелинов цереброспинальной жидкости, исследование стернального пунктата на наличие «пенистых» клеток).
Дифференциальный диагноз болезни Фридрейха и рассеянного склероза обычно не вызывает затруднений, поскольку для последнего нехарактерны такие симптомы, как сухожильная арефлексия, мышечная гипотония, амиотрофии, экстраневральные проявления, а также в связи с отсутствием при болезни Фридрейха ремиссий и очаговых изменений плотности вещества мозга при КТ и МР-томографии.