Острую НТ 1 необходимо дифференцировать с другими метаболическими болезнями, особенно при наличии сопутствующего септического состояния резистентного к терапии антибиотиками широкого спектра действия. Вирус-ассоциированные заболевания (группы герпесвирусов: цитомегаловирус, вирус Эпштейна-Барр, герпес 1, 2 и 6 типов), ТОRCH инфекции не исключают наличия НТ1 типа.
Гиперметионинемию следует дифференцировать с гомоцистинурией, болезнями метаболизма метионина, декомпенсированным циррозом.
Генерализованная аминоацидемия – частый признак печеночной недостаточности, нарушения функции ассимиляции.
Диагностический поиск при гепатомегалии и гепатите следует проводить с галактоземией, фруктоземией, непереносимостью фруктозы, болезнью Ниманна-Пика, болезнью Вильсона, неонатальным гемохроматозом, гемофагоцитарным лимфогистиоцитозом, митохондриальной цитопатией, врожденными болезнями гликозилирования, дефицитом трансальдолазы, ацетаминофеновой интоксикацией (токсичностью парацетамола), инфекциями (сепсисом, сальмонеллезом, туберкулезом, герпес-вирусной, в том числе цитомегаловирусной, инфекцией, вирусными гепатитами А и В), отравлении грибами, лекарственными средствами на растительной основе.
Поражение почек при НТ1 следует дифференцировать с цистинозом, синдромом Lowe (окулоцереброренальная дистрофия), почечный канальцевый ацидоз, синдромом Фанкони.
Рахитоподобные изменения скелета требуют исключения гипофосфатазии (низкий уровень щелочной фосфатазы и фосфора в сыворотке), дефицита витамина Д (нутритивного и генетически обусловленного), синдрома Фанкони.
Неврологические кризы могут быть проявлениями отека мозга и кровоизлияний, бактериального менингита, гипернатриемического обезвоживания, острой перемежающейся порфирии.
Гипертирозинемия встречается при белковом перекорме (транзиторный тирозиноз, функциональная недостаточность FAH), тирозинемии II и III типов, других болезнях печени с нарушением синтетической и детоксикационной функции.