Профилактики болезни Помпе не существует.
Профилактика осложнений:
Рекомендована вакцинация по индивидуальному графику, которая включает в себя вакцины, включенные в национальный календарь прививок, а также вакцину против респираторно-синцитиального вируса человека, сезонную вакцину от гриппа, пневмококковую вакцину.
Диагноз МБП не является противопоказанием для проведения прививок.
Пациентам с МБП и БППН рекомендовано постоянное мониторирование состояния сердечно- сосудистой, дыхательной, скелетно-мышечной систем, желудочно-кишечного тракта, а также регулярная оценка качества жизни.