Наследуется болезнь Помпе по аутосомно-рецессивному типу. Больной ребенок наследует по одному измененному гену (ген с мутацией в своей последовательности) от каждого из родителей. В семьях, где родители являются носителями болезни Помпе, риск рождения больного ребенка составляет 25% на каждую беременность. Поэтому, если в семье родился больной ребенок, это не означает, что все дети будут больны. Но обязательно нужно обследовать всех братьев и сестер больного ребенка.