Сложность диагностики БППН определяется отсутствием специфических клинических симптомов, характерных для большинства нервно-мышечных болезней, а также разнообразием их сочетания, временем появления и тяжести в процессе развития болезни. Дифференциальная диагностика МБП проводится со всеми заболеваниями, основным клиническим проявлением которых является синдром вялого ребенка.
Мышечные дистрофии:
- Поясно-конечностная мышечная дистрофия,
 - Дистрофинопатии (миодистрофия Дюшенна, Беккера),
 - Миофибриллярная миопатия,
 - Миотоническая дистрофия 2 типа,
 - Плечелопаточно-лицевая миодистрофия,
 - Болезнь Данона,
 - Х-сцепленная миопатия,
 - Лицелопаточноконечностная мышечная дистрофия.
 
Воспалительная миопатия:
- Полимиозит,
 - Миозит с включениямию
 
Врожденные миопатии:
- Немиелиновая миопатия,
 - Болезнь центрального стержня и мультистержневая миопатии,
 - Центронуклеарная миопатия,
 - Миопатия с гиалиновыми тельцами,
 - Прочие врожденные миопатии.
 
Метаболические миопатии:
- Гликогенозы IIIа, IV V и VII типов,
 - Митохондриальные миопатии,
 - Жировые миопатии.
 
Болезни мотонейрона:
- Спинальные мышечные атрофии, тип I и III,
 - Бульбоспинальная амиотрофия (болезнь Кеннеди),
 - Боковой амиотрофический склероз.
 
Болезни нервно- мышечной передачи:
- Миастения гравис,
 - Врожденные миастенические синдромы,
 - Синдром Ламберта-Итонаю
 
Асимптомное повышение КК:
- Вторичная миопатия, включая лекарственную.