Клинические формы ГФФ разделены по возрасту проявления клинических симптомов, что привело к разделению ГФФ на перинатальную, младенческую, детскую и взрослую формы.
Дополнительно выделяют еще одну форму заболевания – одонтогипофосфатазию, которую расценивают как наименее тяжелую форму ГФФ, поражающую зубы; при этом признаки патологии скелета отсутствуют. Данная форма ГФФ проявляется спонтанным выпадением молочных зубов с неповрежденными корнями или сильным кариесом, увеличением пульповых камер и корневых каналов.