Дифференциальная диагностика галактоземии проводится:
1) с болезнями, сопровождающимися повышенным выделением сахара: меллитуриями, сахарным диабетом, цистинозом, синдром Фанкони,
2) болезнями с увеличением печени и желтухами (гепатит, токсоплазмоз, гликогенозы, синдром Криглера-Найара, недостаточность α–антитрипсина, тирозинемия, тип Ι, синдром Фанкони-Бикеля, болезнь Нимана-Пика тип С, болезнь Вильсона, дефицит печеночного белка — цитрина, печеночная гемангиоэндотелиома и др.).
Следует также иметь в виду, что гипергалактоземия может быть связана с врожденными аномалиями желчевыводящей системы (открытым аранциевым протоком и портокавальным шунтом – между воротной веной и нижней полой веной, гипоплазией внутрипеченочной портальной вены), что требует включения в диагностические методы использования допплеровского УЗИ-исследования печени и желчевыводящих путей и исследование альфа-фетопротеина и уровня желчных кислот в крови (повышены при порто-кавальном анастамозе и дефиците цитрина); обструкциями билиарного тракта, в том числе синдром Алажиля; прогрессирующим внутрипеченочным холестазом (болезнь Byler).
Транзиторная гипергалактоземия может быть связана с поздним закрытием венозного протока (Ductus venosus), после закрытия которого в течение 2-3-5 месяцев исчезает и гипергалактоземия, а также гетерозиготностью по мутациям в генах GALT и GALE.