Клиническая картина атрезии желчевыводящих путей у большинства детей является типичной. Ребенок рождается доношенным. Начиная со 2–3 суток после рождения у него появляется желтуха, которая постепенно нарастает. Из роддома новорожденный выписывается в положенный срок с диагнозом «затянувшаяся физиологическая желтуха». Но потом наблюдается усиливающаяся выраженная желтушность кожных покровов и глазных яблок. Кал у ребенка обесцвечен, темно-серого цвета, хотя меконий может быть окрашен. Моча темная, насыщенная, цвет часто сравнивают с «цветом темного пива». Постепенно увеличивается печень и селезенка.
Общее состояние ребенка в первые недели жизни может выглядеть вполне нормальным, он даже может прибавлять в весе, активно сосать. Но со второго месяца здоровье заметно ухудшается, снижается аппетит, появляется дефицит массы, задержка физического развития, адинамия, и к 5-6 месяцам развивается билиарный цирроз печени (хроническое прогрессирующее заболевание, характеризующееся дистрофией и некрозом (омертвением) печеночной ткани), приводящий к портальной гипертензии (синдром повышения кровяного давления в системе воротной вены) и асциту. Из-за скопления в брюшной полости жидкости (асцита) увеличивается живот, расширяются вены кожи брюшной стенки. У детей появляется геморрагический синдром, обширные или мелкоточечные кровоизлияния на коже, желудочно-кишечные или пищеводные кровотечения. За несколько месяцев может развиться периферическая нейропатия.
Клиническая картина механической желтухи дополняется сильным зудом, который приносит ребенку дискомфорт и становиться причиной плача. На коже развиваются типичные симптомы механической желтухи – ксантелазмы и ксантомы (липидные отложения).
Отсутствие поступления в полость кишечника желчи приводит к нарушению всасывания жирорастворимых витаминов А, К, Е, Д. Недостаточность витамина К приводит к развитию ломкости сосудов, что в сочетании с портальной гипертензией может стать причиной кровавой рвоты. Недостаток витамина Е проявляется нервно-мышечными расстройствами (парезами нижних конечностей, утратой сухожильных рефлексов), а из-за отсутствия витамина Д развивается рахит.
Часто атрезия желчевыводящих путей не является одиночным пороком, а сочетается с патологией сердечной и выделительной системы, деформацией позвоночника и костей черепа.